La Presidenza della Regione è strutturata su cinque dipartimenti, l'Ufficio di Gabinetto, la Segreteria di Giunta, il Dipartimento enti locali, sanzioni amministrative e servizi di prefettura, il Dipartimento legislativo e legale, il Dipartimento personale e organizzazione. Vi è inoltre la Segreteria particolare che dipende direttamente dal Presidente della Regione.

L'Ufficio di Gabinetto è coordinato da Paolo Di Nicuolo, al quale sono affiancati un Vice Capo di Gabinetto con funzioni vicarie e un Vice Capo di Gabinetto incaricato dei rapporti istituzionali.
Fanno capo all'Ufficio di Gabinetto:

• il Service de promotion de la langue française ;
• la Direzione dei rapporti istituzionali, con funzioni di supporto giuridico all'attività dell'Ufficio di Gabinetto in generale e di seguito dell'attività istituzionale della Regione, della Conferenza dei Presidenti delle Regioni e Province Autonome, della Conferenza Stato-Regioni;
• il Servizio di collegamento di Roma;
• la Direzione della comunicazione e delle relazioni esterne, nella quale sono incardinati l'Ufficio Stampa e il Servizio relazioni esterne;
• Il Servizio del cerimoniale, fra i cui compiti principali vi sono l'organizzazione di cerimonie e manifestazioni pubbliche di iniziativa della Presidenza della Regione e la cura del cerimoniale in occasione di iniziative dell'Amministrazione regionale.

La Segreteria della Giunta, coordinata da Livio Salvemini, svolge attività di verbalizzazione delle sedute della Giunta regionale prestando inoltre assistenza anche in veste consultiva. Coordina l'attività delle strutture regionali nella predisposizione degli atti amministrativi, sovrintende al controllo formale preventivo sulla regolarità delle deliberazioni della Giunta e gestisce il procedimento delle nomine di competenza dell'esecutivo.
Fa capo alla Segreteria di Giunta la Direzione servizi di Segreteria di Giunta, che svolge le funzioni vicarie del coordinatore e attua i compiti attribuiti all'Ufficio.

Il Dipartimento enti locali, sanzioni amministrative e servizi di prefettura, coordinato da Piero Lucat, ha compiti di impulso e di coordinamento delle funzioni prefettizie esercitate dalle strutture dell´Amministrazione regionale e presiede alle commissioni prefettizie. Predispone le direttive all´Agenzia regionale per le relazioni sindacali in materia di personale degli enti locali e fornisce consulenza sulla legislazione in materia di enti locali.
Fanno capo al Dipartimento:

• il Servizio affari di Prefettura, con compiti di esercizio, monitoraggio e supporto delle funzioni prefettizie, di gestione degli appalti e delle forniture per conto dello Stato, di legalizzazione di firme su atti e documenti da valere all'estero;
• la Direzione enti locali, fra i cui compiti principali vi è la gestione dei rapporti di natura amministrativa con gli enti locali, e alla quale fa capo il Servizio finanza e contabilità locale, che provvede, tra le altre cose, alla programmazione finanziaria e alla gestione amministrativa e contabile dei trasferimenti finanziari agli enti locali;
• la Direzione sanzioni amministrative, che regola l'emissione delle ordinanze riguardanti le violazioni amministrative di norme statali e regionali, le violazioni del codice della strada, oltre che l'emissione sanzioni amministrative.

Il Dipartimento legislativo e legale, coordinato da Flavio Curto, ha come attività principale quella di fornire la consulenza giuridica e la tutela legale all'Amministrazione e, in particolare, all'Ufficio di Presidenza. Sovrintende, inoltre, alle attività di definizione dei rapporti contrattuali in materia di immobili di proprietà regionale occupati da imprese industriali e cura la gestione del contenzioso costituzionale.
Dipendono dal Dipartimento:

• il Servizio legislativo e osservatorio, al quale spetta la predisposizione e/o la supervisione dei testi normativi, il seguito dell'iter legislativo oltre che l'osservazione della produzione normativa regionale - con particolare riferimento a quella delle Regioni a Statuto speciale e delle Province autonome - e la verifica dell'impatto della produzione normativa statale e comunitaria sull'ordinamento regionale. Fornisce inoltre pareri sull'interpretazione degli atti normativi regionali;
• la Direzione del contenzioso civile, con compiti di gestione del contenzioso relativo al diritto civile e della tutela dei diritti dell'Amministrazione. Provvede inoltre all'esecuzione dei provvedimenti e delle sentenze della Corte dei Conti;
• la Direzione del contenzioso pubblicistico e del lavoro, con funzioni di gestione del contenzioso relativo al diritto del lavoro, al diritto amministrativo e nelle materie del diritto di accesso e della riservatezza. Cura inoltre gli atti riguardanti i ricorsi straordinari al Presidente della Repubblica.

Il Dipartimento personale e organizzazione, coordinato da Walter Lillaz, gestisce in particolare le relazioni sindacali, quali la contrattazione di comparto e decentrata, i protocolli e gli accordi sindacali.
Fanno capo al Dipartimento:

• la Direzione amministrazione del personale, con funzioni di amministrazione del personale disciplinato dal contratto collettivo regionale e di supporto agli uffici che gestiscono personale disciplinati da contratti collettivi diversi da quello regionale. Amministra, inoltre, il personale degli uffici amministrativi dei Giudici di Pace. La Direzione si avvale del Servizio stato giuridico e trattamento economico, che provvede alla gestione amministrativa dei rapporti di lavoro e dei procedimenti disciplinari;
• la Direzione sviluppo organizzativo, con compiti di gestione delle risorse umane, delle procedure concorsuali e delle strutture organizzative necessarie al funzionamento dell'Amministrazione. Fa capo alla Direzione il Servizio formazione, che garantisce e promuove le attività di addestramento e di formazione del personale;
• la Direzione servizi generali, che assicura il funzionamento dei servizi generali (custodia, centralino telefonico, garage, CRER), garantisce le attività di formazione e di informazione in materia di sicurezza sui luoghi di lavoro e svolge funzioni di segreteria del Comitato regionale di coordinamento in materia di sicurezza e tutela sul luogo di lavoro.