Il Museo regionale di Scienze naturali della Valle d’Aosta fu istituito il 20 maggio 1985, con
legge regionale n. 32 e fu inaugurato e aperto al pubblico il 1° giugno dello stesso anno. La sua storia però inizia molto tempo prima quando, nel 1905, la Société de la Flore Valdôtaine, fondata nel 1858 dai canonici Georges Carrel e Edouard Bérard, diede vita ad un museo privato con lo scopo di studiare e divulgare le scienze naturali e la geografia fisica della Valle d'Aosta.
La Société operò inizialmente sotto la spinta del canonico P. L. Vescoz, sostenitore e primo conservatore del museo, coadiuvato da altri naturalisti come l’abate J. Henry, presidente della società scientifica per un quarantennio, ed il botanico L. Vaccari. Le cronache dell’epoca parlano di un’esposizione non grandissima, ma apprezzata dai visitatori e dalla stampa.
Il Museo trovò nel tempo collocazione in sedi diverse. Nel 1934, in pieno regime fascista, la Société de la Flore Valdôtaine, non avendo i mezzi economici per affittare nuovi locali, si vide costretta a cedere le raccolte alla Scuola Militare Alpina di Aosta che le prese in carico ospitandole per quasi quarant’anni nel Castello Duca degli Abruzzi.
Nel 1971, un gruppo di naturalisti e appassionati della Société de la Flore Valdôtaine decise di recuperare le collezioni e ricostituire il museo. L’inaugurazione avvenne il 2 giugno 1975 presso l’ex cappella di Saint-Laurent, di fronte alla Collegiata di Sant’Orso, nel centro di Aosta. Dopo solo due stagioni il museo fu costretto nuovamente e traslocare a causa dell’avvio degli scavi archeologici sotto la cappella.
Nel 1977, il Comune di Saint-Pierre offrì la disponibilità dei locali del castello di sua proprietà. E’ in questo edificio storico che il museo trovò degna sede. Il 1° luglio 2015, la Regione Autonoma Valle d'Aosta ha acquisito il Museo regionale di Scienze naturali E. Noussan che attualmente comprende la sede espositiva presso il castello di Saint-Pierre e il centro di ricerca scientifico-naturalistico del Marais di La Salle.