I quattro Fondi strutturali non costituiscono una cassa unica all'interno del bilancio dell'Unione; ciascuno ha infatti una specializzazione settoriale, pur operando in modo coordinato.

	•	Il Fondo europeo di sviluppo regionale (FESR) finanzia infrastrutture, investimenti produttivi destinati a creare occupazione, progetti di sviluppo locale e interventi a favore delle piccole e medie imprese.
	•	Il Fondo sociale europeo (FSE) promuove l'inserimento professionale dei disoccupati e dei gruppi svantaggiati, fornendo in particolare sostegni alla formazione e incentivi per la creazione di posti di lavoro.
	•	Lo Strumento finanziario di orientamento della pesca (SFOP) ha come obiettivo l'ammodernamento del settore.
	•	La sezione "orientamento" del Fondo europeo agricolo di orientamento e di garanzia (FEAOG) finanzia iniziative di sviluppo rurale e fornisce aiuti agli agricoltori, soprattutto nelle regioni arretrate, mentre la sezione "garanzia" assolve lo stesso compito, nel quadro della politica agricola comune, nelle altre parti dell'Unione.

I Fondi strutturali non sono destinati a progetti isolati, bensì a programmi pluriennali di sviluppo regionale, concordati tra regioni, Stati membri e Commissione europea. (v. il capitolo "Dalla teoria alla pratica"),

Il Fondo di coesione, infine, finanzia direttamente progetti specifici per la tutela dell'ambiente e lo sviluppo delle reti di trasporto.