Nel 1858 il canonico Georges Carrel (1800-1870), noto alpinista e naturalista valdostano, fondò a Aosta una Società valdostana di scienze naturali che in seguito, nel 1884, prese il nome di Société de la Flore Valdôtaine (S.F.V.). 

Il suo campo d’azione fu rivolto inizialmente alla creazione di un erbario sociale e alla raccolta di minerali, ma ben presto ogni iniziativa si arenò. Nel 1884 il successore di Carrel, il canonico Edouard Bérard (1825-1889), si adoperò per far rivivere l'antico progetto, circoscrivendo però il campo d'azione alla sola botanica, che già allora contava in Valle d'Aosta un buon numero di appassionati. Le attività ripresero slancio proprio a partire dall'erbario, al cui allestimento si dedicò con passione il nuovo presidente. Anche questa volta, dopo l'entusiasmo iniziale, l'attività iniziò presto a languire e, con la morte di Bérard nel 1889, si arrestò nuovamente. Fu solo alla fine del secolo che le attività decollarono nuovamente e con vigore, grazie a personaggi come l'abate Joseph-Marie Henry (che fu presidente della S.F.V. dal 1901 al 1941), il professore Lino Vaccari, botanico di fama che diede una spinta decisiva agli studi floristici in Valle d'Aosta, e al canonico Pierre-Louis Vescoz, appassionato collezionista di minerali e animali che nel 1905 venne nominato primo conservatore del Musée de la Flore Valdôtaine, nucleo iniziale del futuro Museo regionale di scienze naturali.

Con i vecchi erbari andati per lo più perduti, il Prof. Vaccari contribuì in modo significativo alla creazione di un nuovo erbario sociale composto da oltre 2.000 campioni di specie raccolte sulle Alpi, accuratamente spillate e classificate. 

Nel 1934 il Museo, privato della sue sede, dovette cedere in prestito tutte le collezioni naturalistiche alla Scuola Militare Alpina di Aosta, dove rimase fino al 1975, quando assieme alle altre raccolte, venne restituito alla Société de la Flore Valdôtaine, rinata dopo oltre trent'anni d'inattività. 

Come già accaduto per le collezioni lichenologiche, l'erbario ritornò dal prestito fortemente danneggiato: degli oltre 2.000 campioni dichiarati nel 1922 se ne salvarono meno di 1.200. Al di là del buono stato di conservazione dei campioni, i danni maggiori furono causati dal totale rifacimento dei cartellini effettuato presso la Scuola Militare Alpina poco dopo l'acquisizione (come si deduce dai nomi italianizzati delle località valdostane). 

Il risultato fu una grave perdita dei dati originali con la conseguente perdita di gran parte del valore scientifico dell’erbario. In fase di ricopiatura i nuovi cartellini furono in parte non ricopiati e spesso ricopiati in modo erroneo, riportando solo il nome della specie, la località di raccolta (spesso indicata in maniera molto vaga e imprecisa) e la quota, tralasciando del tutto data e nome del raccoglitore. L’erbario mantiene oggi un importante valore storico.

In questo modo, nel 1986, nacque il Nuovo erbario della Flore Valdôtaine, nome che celebrava l'associazione che da più di un secolo promuove gli studi botanici in Valle d'Aosta. 

Gli scopi di questo erbario riprendono quelli originali che hanno guidato i fondatori della Société de la Flore Valdôtaine, ma con un’ottica scientifica più moderna rivolta a: