Tra le collezioni botaniche conservate presso il Museo, particolare interesse storico e scientifico riveste la collezione lichenologica dell’Abbé Joseph-Marie Henry (1870–1947), figura di spicco nella storia della Valle d'Aosta, che negli anni radunò licheni di provenienza valdostana.
Grande appassionato di montagna e di natura, l'Abbé Henry si fece un nome non solo in campo alpinistico ma anche naturalistico e botanico. Dotato di un acuto spirito d’osservazione e di una cultura scientifica non comune era solito abbinare alle ascensioni alpinistiche la ricerca scientifica, diventando un naturalista di spicco. Alcuni suoi importanti ritrovamenti divennero oggetto di svariate pubblicazioni scientifiche e andarono a arricchire le sue collezioni botaniche e entomologiche. La frequentazione delle alte quote lo spinse a interessarsi anche ai licheni che divennero oggetto di intense campagne di studio e raccolta nel decennio 1910-20. I risultati di queste spedizioni vennero esposti in 6 articoli pubblicati sul Bulletin de la Flore Valdôtaine dell'epoca. Sporadiche segnalazioni si ritrovano anche in alcuni resoconti delle sue imprese alpinistiche.
Nonostante l'isolamento geografico e le oggettive difficoltà dell'epoca, l’Abbé Henry si avvalse della collaborazione di valenti lichenologi per la determinazione di molti campioni: dall’italiano Antonio Jatta al francese Maurice Bouly de Lesdain. Una parte del materiale raccolto dall'Abbé durante le sue esplorazioni lichenologiche è oggi conservato presso il Museo regionale di Scienze naturali E. Noussan. Alla fine degli anni '80, gli exsiccata sono stati oggetto di un riordino e catalogazione ed è stata avviata una fase di rideterminazione del materiale. La collezione è attualmente costituita da 170 campioni incollati (da uno sino ad un massimo di undici) su 60 tavole di cartoncino rigido. Non si hanno informazioni circa le modalità di allestimento dei materiali della collezione originaria.
La raccolta, durante gli anni di permanenza presso la Scuola Militare Alpina di Aosta, fu profondamente rimaneggiata con la perdita di informazioni (specialmente durante la fase di trascrizione delle etichette) tale da compromettere in parte il significato scientifico della raccolta. Il suo valore storico è però rimasto intatto poiché rappresenta la prima consistente collezione lichenologica proveniente esclusivamente dal territorio valdostano. Gli studi condotti hanno permesso di accertare la paternità dell'Abbé, grazie a un’elevata corrispondenza tra le sue pubblicazioni e i campioni della collezione (circa l'80%).
Nel vecchio allestimento espositivo del museo ai licheni (e all’Abbé Henry) era dedicata una teca che esponeva anche due tavole della sua collezione.