Pour améliorer la qualité des stratégies de développement, la Commission se propose de soutenir les idées les plus récentes qui ne sont pas encore assez exploitées. Ces actions sont censées apporter aux régions l'espace d'expérimentation qui leur fait parfois défaut et qui est pourtant nécessaire pour répondre aux défis de la société de l'information et accroître la compétitivité de leur économie.
Pour la période 2000-2006, la Commission a fixé trois thèmes de travail pour les actions innovatrices du FEDER:

	•	l'économie régionale fondée sur la connaissance et l'innovation technologique;
	•	eEurope-regio: la société de l'information au service du développement régional;
	•	l'identité régionale et le développement durable.

(Programme concernant la Vallée d'Aoste: proposition de programme régional d'actions innovatrices cofinancé par le FEDER pour la période 2001-2003).

D'autres actions innovatrices sont également prévues pour l'emploi et la formation (financées par le FSE), ainsi que dans le secteur de la pêche (financées par l'IFOP).

Dotés d'un budget d'environ 1 milliard d'euros, soit 0,5% des crédits des Fonds structurels, les programmes d'actions innovatrices financent l'élaboration de nouvelles stratégies et la phase expérimentale de projets. Si cette première étape s'avère concluante, les projets peuvent ensuite être repris dans les stratégies des Objectifs prioritaires.